Защитени територии и опазване на биологичното разнообразие

Росен Цонев е участвал в прилагането на Европейската екологична мрежа НАТУРА 2000 в България, както и в разработването на Червената книга на Република България, том 1 и том 3, в Европейския Червен списък на природните местообитания и др.

Като експерт фитоценолог има публикации върху екологичните особености и класификацията на растителността на пясъчните дюни в България, понтийските степи, халофитните съобщества, буковите и дъбовите гори, водната растителност, торфищата на Витоша, серпентинитните съобщества и мн.др.

Като учен еколог и природозащитник има публикации и в областта на орнитологията, микологията, управлението на природните ресурси и др. Председател е на Българското дружество по фитоценология - 2001. Участвал е в много и разнообразни природозащитни акции и дейности, разработвал е планове за управление на резервати, природни и национални паркове, изготвял е предложения за обявяване на нови защитени територии и др.